結論は、要件に合わなかったので自分で簡易版を作った。
XMLUnitのダメな点
・比較しようとするXMLは、String か org.w3c.dom.Document しか受け付けてくれない。
そのため、特定の Node だけ比較することが出来ない。
・比較のためのオプションは、XMLを読み込む時にしか有効にならないので、読み込み済みのXMLを比較したい時には使えない。org.custommonkey.xmlunit.XMLUnit に setIgnoreWhitespace というのがあるが読み込んだ後では効かないからダメ。
・特定の差分を無視させることは出来ない
簡易版でやったこと
・String/Documentではなく、Nodeで受け付けるAPIにした
・XPathで無視する箇所を指定し、その部分は消した後に比較
・比較は文字列に出して不要な空白は正規表現で除去